西乌珠穆沁旗境内河流均为内陆河，属乌拉盖水系。较大的河流14条，主要干流7条，均为南北流向，依次为宝日嘎斯台河、彦吉嘎河、高力罕河、新高勒河、巴拉根河、小吉林河、大吉林河，总长度1789公里，平均年总径流量15980万立方米。大小湖泊326个，其中淡水湖泊80个，碱水湖泊246个。山泉60处，其中有14处涌水量在20公升/秒以上。
