解:∵AB=6cm,BC=2cm,M是AB的中点,N是BC的中点,∴BM= 1 2 AB= 1 2 ×6=3cm,BN= 1 2 BC= 1 2 ×2=1cm,①如图1,点C不在线段AB时,MN=BM+BN=3+1=4cm,②如图2,点C在线段AB上时,MN=BM-BN=3-1=2cm,综上所述,M、N两点之间的距离是4cm或2cm.故选C.