A、与①相比，②的表面积/体积比值减小，与外界环境进行物质交换的能力降低，A错误；B、③④均来源于早期胚细胞的有丝分裂，因此它们的遗传物质相同，B错误；C、⑤⑥细胞发生了细胞分化，而细胞分化的实质是基因的选择性表达，细胞核中的染色体数目不变，C正确；D、人在胚胎发育后期尾的消失是由于尾部细胞凋亡而实现的，D错误．故选：C．
