虽然第一代QZSS的计时系统（TKS，timekeeping system）使用铷原子钟，但第一个QZS将携带一个实验性质的晶体时钟同步系统原型。在两年轨道测试阶段的第一年，这个系统将进行初步的测试，研究无原子钟技术的可行性，其成果将使用于第二代的QZSS上。
此QZSS TKS技术是一种新的卫星计时系统，它不需要像现存的导航系统如GPS、格洛纳斯系统和伽利略系统使用机载的原子钟。此系统的特点在于采用了一种结合轻量化可调式机载钟及地面同步网络的同步框架，使用机载钟转发由地面网络得到的精确时间。在卫星可以直接联系地面站的情况下，这个系统可以得到最好的效能，因此适合像日本QZSS这样的系统使用。这种新系统的最大优势在于低卫星质量、低卫星制造和发射成本。此概念的大纲和两种可能的实现方法，发表于Fabrizio Tappero的博士研究。
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