盐城国家级珍禽自然保护区保护区北端海岸侵蚀，中南部淤积长，全区每年淤积成陆900公顷。滩涂北窄南宽，呈带状分布，宽处可达15千米。
保护区为里下河主要集水区，有10多条河流流经保护区入海。如灌河、中山河、扁担港、射阳河、黄沙港、新洋港、斗龙港、王港、竹港、川东港、梁垛河、新港等。
夏季多雨，上游河水下泄后，多形成滩涂涝灾，冬季多干旱。遇干旱年份，潮位较低，滩涂多因缺水而发育极其良好。
