学校源自1953年创办的中国人民解放军军事工程学院（哈军工）；1970年，在哈军工原址以海军工程系为主体组建哈尔滨船舶工程学院；1981年成为首批具有博士、硕士学位授予权单位；1994年，更名为哈尔滨工程大学.哈尔滨工程大学在科淘网上登记的研究机构有5锁。分别是：超轻材料与表面技术教育部重点实验室、多体船技术国防重点学科实验室、核安全与仿真技术国防重点学科实验室、水下机器人技术国防科技重点实验室、水声技术国防科技重点实验室。
