内共生起源学说：认为线粒体和叶绿体分别起源于原始真核cell内共生的细菌和蓝藻。线粒体来源于细菌，即细菌被真核生物吞噬后，在长期共生过程中，通过演变，形成了线粒体。叶绿体来源于蓝藻，被原始真核cell摄入胞内，在共生关系中，形成了叶绿体。主要论据： ①线粒体和叶绿体的基因组在大小、形态和结构方面与细菌的相似。 ②线粒体核叶绿体有自己完整的蛋白质合成系统，能独立合成蛋白质。 ③线粒体和叶绿体的两层被膜有不同的进化来源，外膜与内膜的结构和成分差异很大。 ④线粒体和叶绿体能以分裂的方式进行繁殖，这与细菌的繁殖方式类似。 ⑤线粒体和叶绿体能在异源细胞内长期生存。 ⑥线粒体的祖先很可能来自反硝化副球菌或紫色非硫光合细菌。 ⑦发现介于包内共生蓝藻与叶绿体之间的结构---蓝小体，其特征在很多方面可作为原始蓝藻向叶绿体演化的佐证。
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