《工资支付暂行规定》第九条 劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释 (一)》第十三条 因用人单位作出的开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬、计算劳动者工作年限等决定而发生的劳动争议，用人单位负举证责任。
你的情况应该是员工已经实际离职，但是没有办理手续。如果发生解除劳动合同或工作年限等争议，你方将要承担举证责任。 建议尽快办理正式离职手续。
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